Да, обычно в ресторанах и заведениях Праги можно пользоваться туалетом бесплатно, но при этом лучше не афишировать свои действия, и по деловому сразу направляться к нужному месту, а не спрашивать как пройти...
Но, если спросят вы куда, то за пользование туалетом заведения могут взять как правило не более 10 крон.
В крайнем случае, и заказать что-то можно.
Обычно проблемы могут возникнуть именно в туристических местах, где бывает говорят, что удобства только для гостей.