Экономичней или нет, сильно зависит от времени поездки.
Где-то с ноября, а в особенности с середины января и по конец марта скидки будут максимльными, и очень приличный отель на завтраке в новом году до марта можно наверняка будет найти около 20 евро/ночь и ниже, причём совсем недалеко от центра.
В ноябре - декабре цену за одноместный номер с завтраком в приличном отеле с хорошим сервисом, но немного не в центре Праги можно найти за 25-30 евро/ночь с завтраком.
Апартаменты в основном сдаются на двоих и более путешественников, одноместные апартаменты часто бывают на двоих и по цене на двоих тоже.
По личному опыту, когда я еду в Прагу один, то бронирую всегда отель - так выгодней, если ехать семьёй 2-3 человека, то можно найти и из апартаментов тоже что-то более просторное и выгодное по цене.
В целом, и на двоих отель почти всегда выгодней чем апартаменты в Праге, но с сервисом и как правило с завтраком.
По мне апарты лучше смотреть на букинге, может быть там не такой большой выбор, но зато всегда известен точный адрес, а не район, и можно понять, насколько например шумное расположение у дороги и т.п.